空间转录组学是一个快速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织组织和结构。这些信息为了解健康和疾病中的许多生物过程提供了坚实的基础，而这些过程是使用传统技术无法获得的。计算方法的发展在从原始数据中提取生物信号方面发挥着重要作用。已经开发了各种方法来克服特定于技术的限制，例如空间分辨率、基因覆盖、灵敏度和技术偏差。下游分析工具将空间组织和细胞间通信定义为可量化的属性，并提供算法来推导这些属性。集成管道进一步将多个工具组合在一个包中，使生物学家能够方便地从头到尾分析数据。空间转录组学分析分析方法概述。

通过空间蛋白组学技术：

• 使用细胞图像自身的特地来进行分析，可精细到细胞组成各个蛋白大分子成分片段，并且由此去实现细胞形状和大小等亚细胞结构的鉴别。

• 通过聚类和注释算法对细胞的类型进行鉴定，可连用sc-RNA-seq测序数据或者覆盖多种细胞的算法分析，对细胞的空间位置进行微调。

• 细胞亚型的空间分布和潜在的细胞之间相互通信可以进行测算。

• 单个细胞的类别和空间占位的可视化，可基于该细胞所表达基因和已标记空间坐标。

• 单个细胞的亚细胞数据可以用来鉴定其空间位置和其当前动态的转录信息。